เส้นทางถนนสายหลักในพื้นที่เขตหนองจอก ได้แก่

ถนนสุวินทวงศ์

ถนนเชื่อมสัมพันธ์

ถนนฉลองกรุง

ถนนอยู่วิทยา

ถนนร่วมพัฒนา

ถนนสังฆสันติสุข

ถนนทหารอากาศอุทิศ

ถนนเลียบวารี

ถนนมิตรไมตรี

ถนนประชาสำราญ

ส่วนทางสายรองและทางลัด ได้แก่

ถนนไมตรีจิต

ถนนคลองเก้า

ถนนคู้-คลองสิบ

ถนนคลองสิบ-คลองสิบสี่

ถนนแสนเกษม

ถนนเลียบคลองสิบสามฝั่งตะวันออก

ถนนเลียบคลองสิบสามฝั่งตะวันตก

ถนนสกุลดี

ถนนผดุงพันธ์

ถนนยังพัธนา

ถนนบุรีภิรมย์

ถนนลำไทร

ถนนสังฆประชา

ถนนวิบูลย์สาธุกิจ

ซอยคู้-คลองสิบ 12

ซอยคลองสิบ-คลองสิบสี่ 3 (เลียบคลองสิบเอ็ด)

นอกจากนั้นยังมีลำคลองสายต่างๆ เป็นเส้นทางคมนาคมทางน้ำที่สำคัญมาแต่โบราณอีกด้วย เนื่องจากลักษณะทางภูมิศาสตร์แต่เดิมมาของพื้นที่ ตั้งแต่ก่อนที่จะมีการจัดรูปการบริหารเป็นเขตหนองจอก มีลำคลองขุดเช่น คลองเก้า คลองสิบ จนถึงคลองสิบสี่ขุดผ่าน และมีคลองลัดตัดเชื่อมระหว่างลำคลองสายหลักในลักษณะก้างปลาอย่างทั่วถึง

เขตหนองจอก เป็นหนึ่งในห้าสิบเขตของกรุงเทพมหานคร สภาพพื้นที่ส่วนใหญ่เป็นท้องทุ่งและเกษตรกรรม มีลำคลองไหลผ่านหลายสาย

เขตหนองจอกตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกสุดของกรุงเทพมหานคร มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียง เรียงตามเข็มนาฬิกา ดังนี้

ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลำลูกกา (จังหวัดปทุมธานี) มีแนวเส้นตรงจากคลองเก้าไปบรรจบคลองสิบสี่เป็นเส้นแบ่งเขต

ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบางน้ำเปรี้ยวและอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (จังหวัดฉะเชิงเทรา) มีคลองสิบสี่ แนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างกรุงเทพมหานครกับจังหวัดฉะเชิงเทรา คลองแสนแสบ คลองบึงทองหลางเฒ่า คลองนครเนื่องเขต และคลองหลวงแพ่งเป็นเส้นแบ่งเขต

ทิศใต้ ติดต่อกับเขตลาดกระบัง มีคลองลำตาแฝง คลองลำตาอิน คลองกระทุ่มล้ม คลองลำพะอง คลองลำมะขาม และคลองลำกอไผ่เป็นเส้นแบ่งเขต

ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตมีนบุรีและเขตคลองสามวา มีคลองลำนกแขวก คลองลำต้นไทร คลองลำหินฝั่งใต้ คลองแยกคลองลำหินฝั่งใต้ ลำรางข้างซอยราษฎร์อุทิศ 70 คลองแสนแสบ คลองลัดตาเตี้ย คลองแบนชะโด และคลองเก้าเป็นเส้นแบ่งเขต